Om de keuzevrijheid en de ontwikkeling van de vaardigheden te managen wordt er in groep 5/6 en 7/8 gebruik gemaakt van het werkschrift. Bij elk thema wordt het werkschrift op drie onderdelen ingezet:

• Planning
  In het werkschrift houden de leerlingen bij welke kaart ze maken, welke leerdoelen ze voor zichzelf stellen en welke planning gehanteerd wordt. Voornamelijk tijdens het samenwerken leidt een duidelijke taakverdeling en planning het proces in goede banen.
• Onderzoekscyclus 
  Binnen het thema zoeken leerlingen in tweetallen of groepjes naar een onderwerp waar ze een onderzoek naar willen gaan doen. Het stappenplan dat opgenomen is in het werkschrift zorgt ervoor dat een leerling zonder uitgebreide onderzoeksvaardigheden een cyclus kan doorlopen.
• Reflecteren 
  TopOntdekkers richt zich vanuit haar visie meer op een procesbeoordeling en een beoordeling op vaardigheden. Door hier steeds na elk thema op te reflecteren, krijgen de leerlingen inzicht in hun eigen ontwikkeling en kunnen ze deze sturen door nieuwe doelen te stellen.