De handleiding bevat algemen informatie over de methode en de lesbeschrijvingen. De lesbeschrijving van 1 les staat altijd op 1 pagina. Bij elk schrift hoort een apart katern. Verder bevat de handleidingmap kopieerbladen, remediëringsbladen, liniatuurbladen en observatie- en registratiebladen. Voorin de map zit het katern met de algemene inleiding waarin wordt ingezoomd op achtergrond van de methode, schrijfhouding en pengreep, leerlijnen, didactiek, zorgbreedte, organisatie en materialen.
Werkt de school met Lijn 3 en willen ze exact het letteraanbod hanteren tijdens de schrijfles, dan dient ervoor de schrijfmethode Klinkers gekozen te worden.